Segundo moradores mais antigos existem três versões sobre a origem do nome Baraúna. Uma delas, é que, Mossoró (cidade vizinha), teve na época um herói por nome de Alexandre Baraúna, batizou-se o então vilarejo por Baraúna em sua homenagem.
Uma Segunda versão, é defendida pelo historiador Luiz da Câmara Cascudo de que este nome veio devido a uma planta por nome de Ibiraúna, cujo moradores dizem que aqui não existe e nunca existiu nos limites do município.
Já os moradores, defendem que, Baraúna nasceu numa localidade que chamava-se "Rancho do Sabiá" e, que o mesmo servia de abrigo para os tropeiros que faziam o percurso Ceará para Mossoró, e estes repousavam sobre o frondoso pé de Sabiá.
A mudança do nome para Baraúna deu-se devido a um Preto Velho conhecido pelo alcunha de Baraúna que residindo em Mossoró, passava a maior parte do seu tempo nesta região dedicando-se a caça, uma vez que a mesma era farta, pois segundo os mesmos, existia em quantidade onças, porco-do-mato, tamanduás e outros. Em virtude do exposto, o Rancho do Sabiá aos poucos passou a ser chamado de "As terras de Baraúna".
Os primeiros moradores dessa localidade foram os senhores João Batista Dantas e Guilherme Freire, estes construíram as primeiras casas e desenvolveram as primeiras atividades agropecuárias e outras.
Com algumas famílias residindo no local, destacou-se particularmente uma, devido suas condições financeiras, que aos poucos foram se apropriando de grandes quantidades de terra. Esta família era conhecida como os Pachêcos e eram do Ceará o que veio gerar entre os Pachêcos e os demais moradores conflitos, pois entendiam os demais, que os Pachêcos estavam entrando em terras baraunenses para registrá-las no Ceará.
No ano de 1935, o interventor do Estado Rafael Fernandes, atendendo a um pedido do Sr. João Batista Dantas que viajou de Baraúna a Natal a pé, determinou a inspetoria de Fomento de Combate as Secas, e esta através do Pe. Mota, então Prefeito de Mossoró, perfurou o primeiro poço de Baraúna e este fez com que maior número de pessoas construísse casas em volta do mesmo construindo-se assim um povoado, e o Sr. José Raimundo de Abreu, foi um dos maiores incentivadores para o desenvolvimento dessa localidade.
Já em 1940 intensificou-se a exploração da madeira, e da região, saiu milhares de dormentes e outras espécies, embora trabalhadas manualmente.
Através da Lei Municipal nº. 889 de 17 de Novembro de 1953 foi criado o Distrito de Baraúna e foi escolhido para o Primeiro subprefeito o Sr. Francisco Leandro de Medeiros. Já na condição de Distrito de Mossoró, Baraúna toma impulso na Agricultura e seus principais produtos são: Algodão, Milho e Feijão, os quais permanecem até hoje acrescido do Melão, Melancia, Acerola, Caju e outros.
Por meio de um plebiscito decidiu-se elevar o Distrito de Baraúna à categoria de Município, e pela Lei de nº. 5.107 em 15 de Dezembro de 1981, finalmente desmembrou-se do município de Mossoró. E, em 15 de Novembro de 1982 Baraúna elege o Sr. José Holanda Montenegro para ser o seu primeiro Prefeito, eleito com 1392 votos, equivalente a 30,43 por cento, menos que 276 votos do primeiro colocado, o fundador, senhor Francisco Leandro de Medeiros, que obteve 1668 votos (36,47%), porém, como seu companheiro de partido, senhor manoel de Melo, obteve apenas 266 votos, cuja soma foi de 1934 sufrágios, enquanto, o companheiro de Montenegro, senhor GERALDO DANTAS obteve 873 votos, totalizando assim 2275 votos em prol dos candidatos do PDS. José Montenegro tompu posse em 31 de janeiro de 1983 e governou o município de Baraúna até 1º de janeiro de 1989.
RESULTADOS DA PRIMEIRA ELEIÇÃO MUNICIPAL EM BARAÚNA:
FRANCISCO LEANDRO DE MEDEIROS(PDS) - 1668 votos - 36,47%
JOSÉ HOLANDA MONTENEGRO (PDS) - 1392 VOTOS - 30,43 &
GERALDO DANTAS (PMDB) - 876 VOTOD - 19.09 %
MANOEL DE MELO (PDS) - 266 VOTOS - 5,82 %
BENEDITO ROSÁRIO (PT) - 22, 0,48 %
A segunda administração, foi chefiada por José Bezerra (PMDB), eleito em 15 de novembro de 1988 e governou no período de 01/01/1989 - 01/01/1993. Em seguida veio José Araújo Dias (PFL), eleito em 3 de outubro de 1992, administrando o município de 01/01/1993 - 01/01/1997 e 2004-2007 , com uma administração pouco relevante; posteriormente foi eleito o professor Franscisco Gilson de Oliveira (PFL)1996 - 2004 (neto de Franscico Leandro de Medeiros), atualmente Baraúna experimenta a melhor fase de sua história alcançando a posição de um dos maiores municípios em produção e exportação de frutas da região Nordeste com a gestão do prefeito Aldivon Nascimento, reeleito em 5 de outubro de 2008, com mandato até 1º de janeiro de 2013